发包方与承包方签订了《建设工程施工合同》，后双方又签订了《补充协议》。《建设工程施工合同》因违反招投标法的规定或其他原因而无效，那么《补充协议》是否也必然无效呢？笔者认为要区分《补充协议》的内容而定。如果《补充协议》约定的内容是对《建设工程施工合同》内容的补充、明确或者增加、减少等，此种《补充协议》相当于《建设工程施工合同》的延伸，《建设工程施工合同》无效的，此种《补充协议》也应当无效。但如果《补充协议》约定的内容是发承包双方对已完工程的结算，即双方确认的是已完工程的造价和付款时间、付款方式等，其属于发承包双方对于债权债务关系的清理，具有独立性，依据《民法典》第五百六十七条“合同权利义务终止，不影响合同中结算和清理条款的效力”的规定，此种《补充协议》不因《建设工程施工合同》的无效而无效。